Online Morphogenesis

Nom du projet : Online Morphogenesis

Type : Logiciel de visualisation 3D

Moteur : Unity

Equipe : 2

Rôle : Programmeur

Durée de production : 4 mois

 

Ce projet a été réalisé pendant mon stage de fin d'année 2016 de licence professionnelle au sein de l'équipe de recherche Virtual Plants à Montpellier. Il a consisté en la réalisation d'une application de visualisation en 3D d'embryon avec le moteur de jeu Unity. Durant son développement, j'ai utilisé un embryon, récemment reconstruit par les biologistes à partir d'images 3D + temps obtenus par microscopie, d'un organisme marin (Ascidie)  jusqu'à la fin de la gastrulation (seconde phase de développement embryonnaire). Résultant ainsi en la manipulation de 192 pas de temps qui retracent l'évolution des cellules de l'embryon.

Chacun de ces pas de temps est présenté dans un document CSV qui contient toutes les informations de chaque pas de temps ainsi que des cellules qui y sont présentes, comme les cellules qu'elles vont former en se divisant, et donc leur moment d’apparition ou de mort, ainsi que des id propres afin de pouvoir les relier aux modèles 3D que j'ai eu à manipuler. Et afin de faciliter leur utilisation, j'ai créé une classe Cellule qui contiendrait ces informations ainsi que d'autres importantes pour la suite. De plus,  cette classe était utilisée dans une liste qui contient les différentes cellules de chaque pas de temps.

L'application comporte différentes fonctions qui ont été classées en deux parties: les fonctions primaires qui regroupent les outils de première importance pour les biologistes et les fonctions utilitaires qui ajoutent un intérêt supplémentaire à l'application :

Fonctions Primaires :

Navigation spatiale

Navigation temporelle

Sélection

Modification des caractéristiques

Propagation des caractéristiques

Fonctions Utilitaires:

Coupe surfacique

Activation et désactivation des cellules

Recherche par nom

Détection des cellules voisines

Fenêtre d’aide

Cette interface doit être très intuitive pour être utilisée facilement par une communauté de biologistes non habitués aux logiciels complexes.